Pour son troisième Grand Prix, disputé sur le Nürburgring, il décroche la sixième place mais n'est pas crédité au classement final du championnat du monde car ATS n'avait engagé à l'origine qu'une seule voiture au championnat.
En 1985, Berger rejoint l'écurie Arrows-BMW où il s'affirme comme un des pilotes les plus prometteurs de sa génération. Il inscrit ses premiers points au Grand Prix des Pays-Bas en terminant cinquième et se classe vingtième du championnat. Sa carrière décolle en 1986 avec son arrivée dans la nouvelle écurie Benetton Formula-BMW, anciennement Toleman. Souvent en mesure de s'intercaler parmi les ténors du championnat du monde puisqu'il se qualifie à treize reprises dans les dix premiers dont deux fois en première ligne, il met à profit ses pneumatiques Pirelli pour remporter, au Grand Prix du Mexique, la première victoire de sa carrière en Formule 1, la première également de son équipe.
Sur ordre d'Enzo Ferrari qui apprécie son style, Berger est recruté en 1987 par la Scuderia Ferrari. Rapidement, il prend le meilleur sur son coéquipier Michele Alboreto, tout en nouant des liens techniques privilégiés avec John Barnard, le directeur technique. En raison de la compétitivité moyenne des Ferrari, Berger doit attendre la fin de saison pour se mettre en évidence. Au Portugal, il laisse la victoire à Alain Prost en raison d'une faute de concentration dans les derniers tours mais il s'impose lors des deux dernières manches de la saison, au Japon et en Australie.
Ces performances permettent à Berger et à Ferrari d'attaquer la saison 1988 en position de force mais les McLaren-Honda d'Ayrton Senna et Alain Prost remportent quinze des seize manches de la saison. Après un scénario à rebondissements, Berger remporte la seule victoire qui échappe aux McLaren au Grand Prix d'Italie, devant une foule en liesse, seulement quelques jours après le décès d'Enzo Ferrari.
Avec le changement du règlement technique en 1989 (abolition des moteurs turbocompressés et retour aux moteurs atmosphériques), Berger compte rivaliser avec les McLaren-Honda. Malgré la victoire en début de saison de son nouvel équipier Nigel Mansell, les Ferrari restent en retrait. Au Grand Prix de Saint-Marin à Imola, déséquilibré par une rupture mécanique, Berger tire tout droit dans la courbe rapide de Tamburello, heurte le mur de béton et reste prisonnier de sa monoplace en flammes. Grâce à l'efficacité des secours, Berger n'est que légèrement blessé (brûlures aux mains, côte cassée) et, après une rapide convalescence où il ne manque qu'un Grand Prix, il est en mesure de retrouver les circuits.
Il remporte, à l'automne, le Grand Prix du Portugal avant d'annoncer son transfert chez McLaren-Honda pour les saisons suivantes.
L'arrivée chez McLaren-Honda est l'assurance de piloter la meilleure voiture du plateau mais aussi le risque d'écorner sa réputation au contact d'Ayrton Senna. Malgré quelques coups d'éclat en qualifications, Berger souffre de la comparaison avec le Brésilien et est réduit au rôle d'équipier de luxe.
Tandis que Senna remporte deux titres mondiaux, Gerhard doit attendre le Grand Prix du Japon 1991, à l'issue de sa deuxième saison chez McLaren, pour renouer avec la victoire, offerte par Ayrton Senna qui ralentit dans le dernier virage alors qu'il avait dominé la course. Après une troisième et dernière saison chez McLaren au cours de laquelle il se montre plus à son avantage avec notamment deux victoires, Berger retourne chez Ferrari à partir de la saison 1993.
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